Klubben blev dannet i 1906 og spillede i Southern League indtil 1920, hvor klubben var med til at danne Third Division. I denne liga blev klubben nr. 3 i 1932 og 1950, hvilket var de bedste placeringer indtil 1991. I 1966 oplevede Southend United sin første nedrykning, da klubben rykkede ned i Fourth Division. Klubben rykkede op igen i 1972 som nr. 2 efter Grimsby Town. I 2006 rykkede klubben for første gang op i den næstbedste engelske række, The Championship, men allerede året efter rykkede den ned igen.
Southend United spiller for tiden på Roots Hall stadion, hvor der er plads til ca. 12.000 tilskuere. Denne banes fremtid har dog været tvivlsom, da den blev solgt i 1998, og der er derfor planer om at bygge et nyt stadion med 22.000 siddepladser ved Fossets Farm.
Southend Uniteds spillertrup pr. 12. marts 2007:
Udlånte spillere:
Ron Martin
