Det varede dog ikke længe, før han blev mindre velset af de nye magthavere ved hoffet, hvis optræden han ingenlunde udelt beundrede, men endog til tider frimodig udtalte sig imod. Han fjernedes derfor allerede i slutningen af [[1772]] igen fra hovedstaden og måtte overtage [[Drost|landdrostiet]] i [[Pinneberg]], hvor han forblev indtil [[1784]], da han efter [[RegeringsforandringenStatskuppet i 1784|kronprinsens overtagelse af regeringen]] beskikkedes til stiftamtmand i [[Akershus Stift]] og amtmand i [[Akershus Amt]]. Forholdene i de få år, han virkede her, var ingenlunde lette, thi dels var forholdet til den svenske nabo spændt, dels herskede der en ikke ringe gæring iblandt almuen i det sydlige [[Norge]], og Skeel var selv medlem af den kommission, som [[1786]] nedsattes for at undersøge de fremsatte klager over de lokale embedsmænd-, men det lykkedes ham dog såvel ved sin embedsførelse, særlig en levende interesse for Norges opkomst, som ved sin personlige optræden at gjøre sig i høj grad agtet og afholdt, hvorpå han ved sin afrejse, efter at han [[1788]] var blevet udnævnt til [[justitiarius]] i [[Højesteret]], modtog de mest utvetydige vidnesbyrd.
