Klapholt er beliggende ved overgangen fra det bakkede Angel i øst til det mere flade gestlandskab i vest. LandbsyenLandsbyen er flankeret af den cirka 79 ha store [[Elmskov]] i vest og den cirka 123 ha store [[Okselbæk Skov]] i øst mod [[Ølsby]]. Kommunen omfatter ved siden af Klaptholt bebyggelserne Elmskov (''Elmholz''), Fenn<ref>sml. [[oldnordisk]] ''fen'' for mose, sump, sml. også [[Fensale]]</ref>, Glasholt (''Glasholz''), Lamskær (''Lammerskjer''), Nybro (''Neubrück''), Nørreskov (''Norderholz''), Smøl (''Schmöhl'') og Vesterskel (''Westscheide'').
