Kennedy ændrede straks efter sin tiltræden den hierarkiske struktur i administrationen i Det hvide hus. {{sfn|Reeves|1993|pp=23, 25}} Han fokuserede på at skabe en hurtig og smidig beslutningsprocessagsbehandling, hvor alle dele af organisationen refererede direkte til præsidenten. Selv beskrev han denne organisationsform som "et hjul".{{sfn|Reeves|1993|p=22}} Dette skulle skabe en smidig [[beslutningstagen|beslutningsproces}}]], hvor fokus var:"Hvad kan vi opnå i dag", mens de overordnede "ideologiske" spørgsmål blev drøftet i en snæver kreds med Robert Kennedy som nærmeste rådgiver.{{sfn|Reeves|1993|p=66}} I løbet af sommeren 1962 fik KennedyinstalleretKennedy installeret et hemmeligt optagelsessystem i Det hvide hus. Det er omdiskuteret, hvorvidt dette skyldtes mistillid til nogle samarbejdspartnere eller var sat op af hensyn til hans biografi, som var planlagt til at udkomme efter hans fratræden. Disse båndoptagelser indeholder blandt andet lange passager med forhandlingerne i forbindelse med Cubakrisen.<ref>{{Cite web|url=https://www.history.com/news/10-things-you-may-not-know-about-john-f-kennedy|title=10 Things You May Not Know About John F. Kennedy|first=Christopher|last=Klein|website=HISTORY}}</ref>
