Estland fik en bofast befolkning for omkring 10.000 år siden. Til trods for, at man ikke kan vide hvilket sprog, der taltes i området på denne tid, er der teorier om, at det for 5.000 år siden indvandrede folk, som muligvis talte et tidligt finsk-ugrisk sprog beslægtet med moderne estisk. Denne forskning bygger overvejende på genetik, ikke på sprogforskning.<ref>[{{Cite web |url=http://content.karger.com/ProdukteDB/produkte.asp?Aktion=ShowPDF&ArtikelNr=57985&Ausgabe=228324&ProduktNr=224250&filename=57985.pdf |title=Virpi Laitinena et al. (2002), ''Y-Chromosomal Diversity Suggests that Baltic Males Share Common Finno-Ugric-Speaking Forefathers'', Human Heredity, pages 68-78] |access-date= 1. september 2011 |archive-date=17. maj 2011 |archive-url=https://web.archive.org/web/20110517222602/http://content.karger.com/ProdukteDB/produkte.asp?Aktion=ShowPDF&ArtikelNr=57985&Ausgabe=228324&ProduktNr=224250&filename=57985.pdf |url-status=ok }}</ref> Sprogforskere har ment, at finsk-ugriske sprog dukkede op langt senere omkring Østersøen, formodentlig i tidlig [[bronzealder]] (ca. 1.800 f.Kr.).<ref>Petri Kallio 2006: Suomalais-ugrilaisen kantakielen absoluuttisesta kronologiasta. — ''Virittäjä'' 2006. (Med engelsk sammenfatning).</ref> <ref>[{{Cite web |url=http://www.sgr.fi/susa/92/hakkinen.pdf |title=Häkkinen, Jaakko 2009: Kantauralin ajoitus ja paikannus: perustelut puntarissa. – ''Suomalais-Ugrilaisen Seuran Aikakauskirja'' 92.] |access-date= 1. september 2011 |archive-date=14. oktober 2017 |archive-url=https://web.archive.org/web/20171014085722/http://www.sgr.fi/susa/92/hakkinen.pdf |url-status=ok }}</ref>
Navnet "Eesti", eller Estland, antages at stamme fra [[germaner|germansk]] ''Aestii'', hvilken benævnelse findes hos Tacitus i dennes værk "Germania" 98 e.Kr. om de [[Balter|baltiske folk]], som boede nord for floden [[Wisła]]. [[Skandinaver]]ne kaldte landet syd for [[Den Finske Bugt]] "''Eistland''", og dette er fortsat det islandske navn på Estland. Protoestiske folk (lige som andre brugere af [[østersøfinske sprog]]) kaldtes derimod ''[[chud]]er'' i oldslaviske krøniker.
