Mikkel Thorup er student fra [[Risskov Gymnasium]]. I sin ungdom var han politisk aktiv ipå venstrefløjen den venstreradikalei [[Rød Ungdom]], for hvem han udgav bogen ''Højrefløjens rædselskabinet'' i 1997<ref>Thorup 1997</ref>. Han var allerede i sin studietid særligt optaget af de politiske, økonomiske og sociale ideers historie, og han blev [[cand.mag.]] i idéhistorie og samfundsfag ved [[Aarhus Universitet]] i 2002. I 2006 blev han [[ph.d.]] i idéhistorie samme sted på en afhandling med titlen ''In Defence of Enmity - Critiques of Liberal Globalism'', der blandt andet var inspireret af den tyske filosof [[Carl Schmitt]]. I 2007 blev han adjunkt og i 2010 lektor ved Afdeling for Idéhistorie på Aarhus Universitet. 1. november 2015 blev han professor MSO i markedskultur samme sted og i 2019 fuld professor. Han var desuden leder af ''Forskningsenheden for den politiske og økonomiske tænknings historie'' ved Århus Universitet. I 2012 modtog han et legat fra [[Velux-fonden]] til et forskningsprojekt om den økonomiske rationalitets idéhistorie, og i 2015 modtog han 5,5 millioner fra Det Frie Forskningsråd til forskningsprojektet ''Contested Property Claims: Moral Reasoning about Property and Justice in Practice, Debate and Theory.''
