Sangen har en usædvanlig sangstruktur i det den skifter ved 2:26, efter en akustisk bro af [[Marty Friedman]], til en anden, langsommere sektion kaldet "The Punishment Due", og vender senere i sangen tilbage til "Holy Wars" efter en guitarsolo spillet af [[Dave Mustaine]]. Hele sangen omtales generelt bare som "Holy Wars".
Tekstmæssigt omhandler "Holy Wars" den nordirske konflikt.<ref name="pl-lyrics">[{{Cite web |url=http://megadeth.rockmetal.art.pl/lyrics_rust.html#Holy |title=The Realms of Deth – Megadeth Lyrics – Rust in Peace] |access-date= 4. november 2008 |archive-date=21. december 2008 |archive-url=https://web.archive.org/web/20081221151835/http://megadeth.rockmetal.art.pl/lyrics_rust.html#Holy |url-status=yes }}</ref> I et interview med det britiske magasin Guitarist, har Mustaine udtalt at han blev inspireret til at skrive sangen i [[Nordirland]], da han så hjemmelavede Megadeth-T-shirts, der var til salg, men blev frarådet at få dem fjernet fordi de var en del af [[fundraising]]-aktiviteterne for "The Cause" ("Sagen" – [[IRA|den irske republikanske hær]]). Han har senere udtalt ved en koncert på Rock City 18. februar 2008, at det var ved det koncertsted at han skrev "Holy Wars" efter at bandet var rejst dertil fra Irland i en skudsikker bus.<ref name="daveman">[http://megadeth.rockmetal.art.pl/interviews_holywars1990.html The Realms of Deth – Megadeth Interviews – Dave the Human, Mustaine the Artist]</ref> "The Punishment Due" er baseret på den populære [[Marvel]] [[tegneserie]]helt [[The Punisher]].<ref name="pl-lyrics" />
Sangen er den sidste sang der er blevet spillet som ekstranummer ved de fleste seneste Megadeth-koncerter, selvom der i midten af sangen ofte skiftes til "[[Mechanix]]" og senere tilbage til "Holy Wars".
