Da Danmark var besat under [[2. verdenskrig]] brugte tyskerneblev fabrikken anvendt til produktion af våben. Den [[10. maj]] [[1943]] blev Riffelsyndikatet udsat for en [[sabotage]]aktion. Det førte til en henvendelse fra A.P. Møller til [[Erik Seidenfaden]], [[Dagbladet Politiken|Politikens]] korrespondent i [[Stockholm]], som blev bedt om at »give London besked på at bringe sabotagen til ophør«<ref>Christian Jensen, Tomas Kristiansen og Karl Erik Nielsen, ''Krigens købmænd'', Gyldendal 2000, s. 155</ref>. Den [[22. juni]] [[1944]] blev Riffelsyndikatet ikke desto mindre igen udsat for sabotage. Modstandsgruppen [[BOPA]] havde i samarbejde med 3 vagter besat fabrikken og brugte dernæst i alt 400 kg sprængstof til at sprænge den. Det er den største mængde sprængstof anvendt ved en sabotageaktion i Danmark.
Riffelsyndikatet kom aldrig for alvor i gang med produktionen igen og Mærskselskaberne [[A.P. Møller-Mærsk|''A/S Dampskibsselskabet Svendborg'' og ''Dampskibsselskabet af 1912 A/S'']] overtog aktiemajoriteten i Dansk Industri Syndikat A/S (DISA) i 1959.
