Peter Thyssen erhar i sin tid som rådmand i Århus, blevet kendt forgennemført en række store kontroversielle projekter, der har medført en voldsom kritik ogstor medieopmærksomhed.
* IndførelseRådmanden afafviklede kommunens affaldssortering, som senerebyrådet havde godkendt flere år sløjfesforinden.<ref>[http://www.fyens.dk/article/80951:Indland-Fyn--Politisk-opbakning-til-groen-affaldssortering-smuldrer Fyens Stiftstidende - Indland/Fyn - Politisk opbakning til grøn affaldssortering smuldrer]</ref>
* TunnelByrådets beslutning om en tunnel under Marselis Boulevard til ca. 1,4 milliarder kr bliver projekteret i rådmandens embedsperiode.<ref>[http://www.aarhuskommune.dk/view/presserum/teknik_og_miljoe/pressemeddelelser_2007/view_col2_pressemeddelelser_2007_teknik_og_miljoe?_page=nyhed/3582879 Århus Kommune: Tunnel under Marselis Boulevard er den trafikalt bedste løsning]</ref><ref>[http://www.m97.dk/M97_Vejtunnel_eller_shuttletog.pdf M97 om Vejtunnel eller shuttletog]</ref>
* StarterRådmanden udliciteringenskulle afgennemføre ÅrhusByrådets Sporvejevedtagelse deraf giverudlicitering storaf uroÅrhus og uregelmæssig drift det meste af 2006Sporveje.<ref>[http://arbejderen.dk/index.aspx?F_ID=22805&TS_ID=1&S_ID=1&C_ID=27 Buschauffører skal betale udlicitering - Dagbladet Arbejderen]</ref>
* Køber en række ejendomme på Randersvej uden en egentlig tilladelse fra Århus Byråd.<ref>''Rådmand har brugt millioner uden at få lov.'' "Danske Kommuner Online" 05.07.2006</ref><ref>[http://jp.dk/arkiv/?id=131045&eceExpr=Opkøb&eceArchive=o ''Opkøb: Rådmand får påtale for at bruge millioner.'' JP Århus, 04.07.2006, 6. seltion, side 1]</ref>
* Varmepengene,Oprydning ca.i engammel halvpraksis milliardi kr.fjernvarmeforsyningen administrereser ukorrektårsag til stor politisk tumult.<ref>[http://www.dr.dk/Regioner/Aarhus/Nyheder/AarhusBy/2007/12/14/071747.htm Thyssen tager ansvaret for fjernvarmeformuen - dr.dk/Regioner/Østjylland/Nyheder/AarhusBy]</ref><ref>[http://stiften.dk/apps/pbcs.dll/SECTION?CATEGORY=temaall&Profile=1542 Varmesagen på Stiften]</ref>
* Exner-tårnetGennemførelse påaf konkurrence om Bispetorv, Planlagt konstruktion af 25 meter højt udsigtstårn Exner-tårnet) og overdækket søjlehal. <ref>[http://jp.dk/indland/aar/politik/article1396629.ece jp.dk - Venstre: Nej til Exner-tårn<!-- Robotgenereret titel -->]</ref>
