I [[Half-Life 2: Episode Two]] møder Gordon G-Man igen, imens en flok vortigaunter koncentrerer sig om at helbrede enden såretsårede [[Alyx Vance]]. G-Man fortæller Gordon, at han ikke kunne kontakte ham, før vortigaunterne var afledt. Endnu en gang fortæller G-Man Gordon gennem en række hallucinationslignende klip, at han også har en interesse i Alyx's overlevelse, og han derfor hjalp hende ud fra Black Mesa på trods af "visse personers indvendinger". Han beordrer nu Gordon til at hjælpe hende til White Forest i ét stykke. Han går derefter hen til Alyx's bevidstløse krop og beder hende overbringe hendes far en besked, hvorefter han hvisker "Vær forberedt på uforudsete konsekvenser" i hendes øre. Efter dette genoptager G-Man sine rolle som observatør, og kan ses et par gange under rejsen imod White Forest.
Da Gordon og Alyx når frem til White Forest, og Alyx da har fortaltfortæller G-Mans besked til sin far [[Eli Vance]], som er Gordons gamle forskerkammerat fra Black Mesa, fortæller Eli Gordon, at han også har mødt G-Man, og Eli refererer til ham som "vores fælles ven". Eli siger nu, at det var G-Man, der gav ham krystallen, der udløste katastrofen i Black Mesa, og at G-Man bagefter sagde "Vær forberedt på uforudsete konsekvenser". Eli siger desuden til Gordon, at han ved mere om G-Man og, at han vil afsløre det senere. Eli bliver dog dræbt af en Combine Advisor før han kan fortælle det.
