Rotamer: Forskelle mellem versioner
Content deleted Content added
Sasha (diskussion | bidrag) m fjerner {{en sprog}} |
Sasha (diskussion | bidrag) m ztilret |
||
Linje 4:
Forskellige konformere kan interkonvertere ved rotation omkring enkeltbindinger, uden at bryde de [[Kemisk binding|kemiske bindinger]]. Eksistensen af mere end en konformation, som regel med forskellige energier, skyldes hindres rotation om sp<sup>3</sup>-[[hybridorbital|hybridiserede]] σ-bindinger. Den komparative stabilitet af forskellige konformere af et molekyle kan normalt forklares gennem forskelle i en kombination af [[steriske effekter|sterisk repulsion]] og [[elektroniske effekter]]. Et forenklet eksempel er, at af et [[butan]]-molekyle set i [[Newman-projektionen]] er vist (set ned i de centrale C2-C3-bindinger) med relative rotationer af C1 og C4, der er illustreret. Den eneste unikke gauche-konformer i tilfælde af butan har en planer vinkel på 60°, anti-rotameren har en vinkel på 180°, og den formørkede rotamer er på 0° i CH<sub>3</sub>-CH<sub>2</sub>-CH<sub>2</sub>-CH<sub>3</sub>-binding. I forbindelse med 1-fluoropropan F-CH<sub>2</sub>-CH<sub>2</sub>-CH<sub>3</sub>, er der en gauche<sup>+</sup> og en gauche<sup>-</sup>-rotamer, med planere vinkler på +60 og -60 hhv. Butan har ikke begge på grund af [[symmetri]].
Rotamerer kan vurderes i sammenhæng med det strukturelle miljø, eller i forhold til [[massefylde|densitet]] (eller andre mængdemæssige data). Kun sidechain-atomer i en rotations-[[isomer]] evalueres. For hydrogen-bindinger og sammenstøds-detektering, interaktionerer rotamerer i det samme sæt, og den nuværende rest ved denne stilling ses der bort fra, men alle andre atomer i nærheden vil blive medtaget, medmindre andre modeller anvendes.<ref name="RBVI">{{en sprog}} Resource for Biocomputing, Visualization and Informatics om [http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/rotamers/rotamers.html rotamerer]</ref> Denne indstilling er nyttig for at forebygge overlejret beslægtede [[protein]]er eller flere eksemplarer af den begyndende struktur fra at bidrage til tælleren. Hertil kommer, at atomer i samme model er uønskede for sådanne beregninger (for eksempel [[opløsningsmiddel|opløsningsmidler]]), bør udgå på forhånd.<ref name="RBVI" />
== Referencer ==
| |||