Jonin (上忍, Jōnin, ''bogstavligelig'' "Øvre Ninja") er specielt højt [[erfaring|erfarne]] ninjaer med meget høje individuelle evner og tjener som militærmilitære [[kaptajn (militær)|kaptajn]]er og ledere af tremands-hold af lavere rangerede ninjaer. Det er stadig uvist helt præcist hvordan en ninja bliver forfremmet til Jonin, men det menes at de udpeges af landsbyens respektive Kage. De bliver sat ud på A-rang og B-rang missioner, og specielt stærke Joniner bliver endda sat på S-rang missioner, hvilket er de sværeste missioner. Alle Jonin kan benytte jutsu af mindst to forskellige elementtyper.
