[[Den Liviske Orden]] omtalte allerede Šiauliai i sine skifter i 1200-tallet som ''Soule'', ''Saulia'' og ''Saulen''. På stedet havde litauiske-žemaitiske styrker en forsvarspost mod [[Tyske Orden|den Tyske Ordens]] og [[Den Liviske Orden]]sOrdens utallige angreb. Dagen for [[slaget ved Saule]], det såkaldte "Solslag" ({{lang-lt|Saulės mūšis}} {{lang-da|"Solslaget"}}), den [[22. september]] [[1236]], der fandt sted ikke langt fra Šiauliai, betragtes som datoen for grundlæggelse byen. Ved slaget påførte litauisk-žemaitiske styrker Den Liviske Orden et knusende nederlag. De næste to århundreder blev Šiauliai betragtet som den vigtigste by i Šiauliai-området "Solskinslandet", som området siden da blev kaldt.
Efter [[slaget ved Grunwald (1410)]], som var endnu et knusende nederlag til [[den Tyske Orden]], ophørte ordernernensordenens overfald og Šiauliai udviklede sig til et landbrugssamfund. I [[1445]] blev den første trækirke bygget i byen. I 1500-tallet blev byen administrativtcenteradministrativt center i området. Den [[11. juni]] [[1524]] blev Siauliais navn nævnt i et brev fra [[Litauens regenter|storfyrste]] [[Sigismund 1. af Polen|Žygimantas Senasis]] ([[1467]] – [[1548]]). Iflg. brevet lægges Siauliai ind under bispedømmet i Vilnus under [[biskop]] Jonui. I [[1555]] indtegnedes Sovli (Siauliai) på Kasparas VopeliusHenenbergeris' ({{lang-de|Caspar Hennebergs}}) kort over [[Europa]] og i [[1589]] fik Šiauliai byrettigheder i overensstemmelse med [[Magdeburg-rettigheder|Magdeburgretten]].
Trækirken blev i [[1634]] erstattet med en murstenskirke, Šiauliai Domkirke, i centrum. Byens økonomiske betydning udvikledes hurtigt på grund af den gunstige beliggenhed ved de krydsende handelsruter, som løb nordøst om det Žemaitiskežemaitiske højland, på [[vandskel]]let mellem floderne [[Venta (flod)|Venta]], [[Dubysa]] og Musa. Talsi søens bred blev et naturlig hvilested på den rute. I [[1636]] oprettedeoprettedes ŠiauliųŠiauliųs markedsplads i det historiske centrum, på den nuværende Prisikėlimo aikštė. Kort efter i 1600-tallet blev byen hærget "Syndfloden", detden litauiske navnbetegnelse for svenskernes angreb på [[den polsk-litauiske realunion]] under [[Karl 10. Gustav af Sverige|Karl X Gustav]] og i 1700-tallet hærgedes Šiauliai af epidemisk [[byldepest]], der reducerede befolkningstallet kraftigt.
