Han blev [[sekondløjtnant]] i [[Søværnet|Marinen]] [[1807]], [[premierløjtnant]] [[1815]], [[kaptajnløjtnant]] [[1821]]. Straks efter sin udnævnelse til officer kom Flor på togt med [[linjeskib]]et ''Valdemar'', men overgik fra dette til [[blokskib]]et ''Mars'' ([[Kaptajn (militær)|kaptajn]] [[Cornelius Wleugel]]), som var det nordligste skib af den flydende defension, der ved englændernes ankomst udlagdes på [[Københavns Red|Reden]] til Københavns forsvar. Fra dette skib deltog han [[23. august]] i en kamp mod den engelske lette [[eskadre]], som forsøgte at trænge frem for at beskyde hovedstaden mod nord, men hvis angreb blev afslået.
Efter at flåden var blevet udleveret til englænderne, ansattes Flor som næstkommanderende på [[stykpram]]men ''Lindormen''. Året efter var han [[adjudant]] hos chefen for de ved København stationerede kanonbåde ([[kommandørkaptajn]] [[Johan Cornelius Krieger (1756-1824)|J.C. Krieger]]), der ved forskellige lejligheder bestode træfninger med engelske orlogsmænd; ved en af disse bemestrede han sig et engelsk [[koffardi]]skib, som var strandet på [[Saltholm]]; senere ansattes han som adjudant hos chefen for batteriet [[Prøvestenen|Prøvesten]], [[kontreadmiral]] [[Adolph Tobias Herbst]], men fik ud på efteråret samme år ordre at begive sig til [[Antwerpen]] for at tiltræde tjeneste ved Scheldeflåden på linjeskibet ''Pultusk'', kommandørkaptajn [[Jost van Dockum]]. [[1813]] hjemkaldtes han og ansattes ved et kompagni søfolk (kaptajn [[Hans von Holsten]]), som under l'Allemands kommando opererede i [[Hertugdømmet Holsten|Holsten]]. Han deltog i slaget ved [[Sehested]] og sendtes straks derefter med [[depeche]]r til fæstningen [[Frederiksort]]. Ved sin ankomst her til erfarede han imidlertid, at kommandanten havde kapituleret; men det lykkedes ham dog at fornagle en del kanoner og efter en eventyrlig rejse at slippe helskindet hjem. Han ansattes nu [[1814]] som næstkommanderende på fregatten ''Bornholm'', [[Kaptajn (militær)|kaptajn]] Kaas. Året efter sendtes han til [[Norge]], men blev kort derpå sat uden for Nummer for at gå i koffardifart. [[1817]] var han med fregatten ''Minerva'' i [[Middelhavet]] og [[Vestindien]] og efter sin hjemkomst på ny i koffardifart. I denne virksomhed døde han af [[klimatfeber]] 1825 på Surabaya i Java. 1809 var han blevet [[Dannebrogordenen|Ridder af Dannebrog]] og 1814 [[Dannebrogsmand]].
