Brugen af sydstatssymboler, da i særdeleshed sydstatskorset, har været omgivet af politisk strid. Inkorporeringen af disse symboler i officielle sammenhænge som delstatsflag har været kritiseret og der har været lanceret kampangerkampagner fra borgerrettighedsgrupper og liberale for at få Mississippis delstatsflag ændret. I 2001 blev der udarbejdet forslag til nyt flag for Mississippi hvor sydstatsflaget var taget bort til fordel for en blå kanton med hvidt stjernearrangement. Forslaget blev fremlagt for [[folkeafstemning]], da med det eksisterende delstatsflag som alternativ. Ved afstemningen [[17. april]] [[2001]] blev der flertal på 65 procent for det eksisterende flag, mens forslaget til nyt flag fik 35 procent. Dette genspejler nogenlunde fordelingen mellem hvide og sorte i delstaten. Andelen af hvide indbyggere i Mississippi er omkring 60 procent, mens afro-amerikanere udgør omkring 40 procent af delstatens befolkning. Udfaldet af folkeafstemningen førte til at Mississippi fortsatte med at benytte sit flag med sydstatskorset. Fra 1956 førte også delstaten [[Georgias flag|Georgia]] sydstatskorset i sit flag, og efter at dette blev ændret i 2001 er Mississippi nu den eneste delstat hvor sydstatskorset er en del af delstatsflaget.
