Gruppens musik spænder over en masse forskellige musikalske genrer. Gruppens evne til at bl.a.blande klassisk musik med elektronisk musik og hård rock og gøre den nutidig, er én af grundene til at denMuse har høstet så stor musiksucces rundt omkring i verden. Bl.a. har den klassiske musik været en stor inspirationskilde for Matthew Bellamy og dennes kompositioner for gruppen. Af klassiske komponister der har spillethaft denmest størsteindflydelse rollepå bandets musik kan nævnes Johann Sebastian Bach, Ludwig van Beethoven, Franz Liszt, Camille Saint-Säens, Frédéric Chopin og Sergei Rachmaninov. Sidstnævntes 2. klaverkoncert har nærmest været en skabelon for nummeret Megalomania. Matthew Bellamy har selv udtalt, at det velkendte guitar-riff til Plug In Baby er inspireret af Bachs Tocata og Fuga. Af nyere musik som har inspireret Muse kan nævnes Led Zeppelin, Jeff Buckley, Queen, Rage Against the Machine, U2 og Skrillex.
I starten af gruppens musikalske virke var det det rå og syrede udtryk der skinnede igennem, men senere (omkring udgivelsen af "Absolution") har musikken og gruppen i sig selv fået et mere poleret udtryk.
