[[File:Montsegur montagne.jpg|thumb|Slottet Montségur blev jævnet med jorden efter 1244. Den nuværende fæstning er fransk fra 1600-tallet.]]
Languedoc var nu under kongen af Frankrigs faste hånd. [[Inkvisitioneninkvisitionen]] blev oprettet i Toulouse i [[1229]] og begyndte nu at bekæmpe al kætteri og alle katherer i området. Under [[Pave Gregor 9.]] fik Inkvisitioneninkvisitionen næsten ubegrænsede beføjelser til at undertrykke kætterne. Man indledte en brutal kampagne i [[1233]], hvor man brændte alle katharer, man fandt, på bålet, og man gravede endda lig af katharer op for at brænde dem. Der var naturligvis mange, der gjorde modstand, og som søgte tilflugt i nogle få fæstnuinger i Fenouillèdes og Montségur eller gjorde oprør. I [[1235]] blev Inkvisitioneninkvisitionen tvunget ud af Albi, [[Narbonne]] og Toulouse. En militær opstand under Raimond-Roger de Trencavels ledelse blev blev slået ned i [[1240]], og Raimond-Roger overgav sig og fik [[frit lejde]] til at rejse i eksil i Aragonien. I [[1242]] forsøgte Raymond af Toulouse sig med en opstand, der skulle falde sammen med en engelsk invasion, men englænderne blev slået tilbage, og Raymonds støtte forsvandt derved. Han blev benådet af kongen.
Katharernes befæstninger faldt en efter en. Montségur holdt ud i 9 måneder men blev besejret i marts [[1244]]. Den sidste fæstning, ved Quéribus, blev overset indtil august [[1255]], hvorefter den hurtigt faldt. Den sidste af Inkvisitionensinkvisitionens henrettelser af katharer i Languedoc fandt sted i [[1321]].
