Der harer væretblevet kritik af protokollen. Et eksempel erkritiseret at lande som Indien, Brasilien og Kina (med Kina som største udleder af CO2 i 2010) slet ikke er forpligtet af protokollen. Dette skyldes at de tilbage ved vedtagelsen i 1997 ikke blev anset for industrilande men derimod U-lande. Det er her diskuteret om dette er et tidssvarende syn i dag, men landende har ikke vist nogen interesse i at lade sig forpligte. Et andet eksempel på kritik er udsagnet om, at de enkelte lande prøver at undgå regelsættet, ved at fjerne deres CO2 udslip ved at flytte det til fattige lande, eller køber kvoter af de fattige lande så der reelt set ikke sker en udvikling der vil påvirke verdensklima i en positiv retning.
En anden kritik er at f.eks. [[Maersk]] ikke bliver talt med i Danmarks regnskab da det ses som skibsfart, der ikke kun gavner Danmark.
Læs om CO2 kvoter og EUA systemet, der er afledt af Kyoto: [http://www.ingenco2.dk/co2kvoter co2 kvoter]
