Ruffalo, som er af [[italien]]sk og [[Fransk-canadiere|fransk-canadisk]] afstamning<ref>[http://www.usatoday.com/life/people/2005-09-15-ruffalo_x.htm USATODAY.com – Ruffalo ascends to the next level in 'Heaven'<!-- Bot generated title -->]</ref>, blev født i Kenosha, Wisconsin, som søn af Marie Rose, en frisør og stylist og Frank Lawrence Ruffalo, Jr., en bygningsmaler<ref name="parade">{{cite news | last =Radar | first =Dotson | coauthors = | title ='I Wouldn't Give Any Of It Back' | work = | pages = | language = | publisher =''Parade'' | date =[[2004-05-09]] | url =http://www.parade.com/articles/editions/2004/edition_05-09-2004/featured_0 | accessdate =2007-09-20 }}</ref><ref>{{cite news | last =Baldassarre | first =Angela | coauthors = | title =On the trail of a real-life serial killer | work = | pages = | language = | publisher =''Tandem'' - Online Magazine | date =[[2007-03-04]] | url =http://www.corrieretandem.com/viewstory.php?storyid=7084 | accessdate =2007-09-20 }}</ref><ref name="actors">Stated in interview on ''[[Inside the Actors Studio]]''</ref>. Han har totre søskende: to søstre, Tania og Nicole og en bror, Scott<ref name="actors"/>. Ruffalo har beskrevet ham selv som et "glad barn" <ref>{{cite news | last =Pearlman | first =Cindy | coauthors = | title =Working on a killer movie | work = | pages = | language = | publisher =''Chicago Sun-Times'' | date =[[2007-02-25]] | url =http://www.suntimes.com/entertainment/pearlman/271775,SHO-Sunday-movies25.article | accessdate =2007-09-20 }}</ref> og hans opvækst fandt sted i "en kæmpestor italiensk familie med masser af kærlighed"<ref>{{cite news | last =Dudek | first =Duane | coauthors = | title =United by loss: Ruffalo nails his role in drama about 2 siblings who share painful past | work = | pages = | language = | publisher =''Milwaukee Journal Sentinel'' | date =[[2000-12-20]] | url =http://www2.jsonline.com/enter/movies/dudek/dec00/count21122000.asp?format=print | accessdate =2007-09-20 }}</ref>. Han gik på en progessiv skole og blev opdraget i det [[Bahai|bahaiske]] samfund, som hans far var tilhænger af<ref name="actors"/>. Ruffalo tilbragte sine teenage-år i [[Virginia Beach]], [[Virginia]], hvor hans far arbejdede, hvor han dimitterede fra First Colonial High School<ref name="actors"/>. Han flyttede derefter med sin familie til [[San Diego]], [[Californien]] og senere til [[Los Angeles, Californien]], hvor han tog lektioner Stella Adler Conservatory og var med til at grundlægge Orpheus Theatre Company<ref name="actors"/>. Sammen med OTC, skrev, instruerede og medvirkede han i adskillige forestillinger og tilbragte de næste 9 år som bartender.