Hans fader Johann Theodor Wegener (1690-ca. 1744), pagehovmester, senere [[justitsråd]] hos fyrstbiskoppen[[fyrstbiskop]]pen af [[HøjstiftetFyrstbispedømmet Lübeck|Lübeck]], stammede fra [[Nienburg an der Weser]], hans moder, Johanne Juliane f. Braun, fra [[Leipzig]]. Ved [[Universität Helmstedt|universitetet]] i [[Helmstedt]] forberedte Wegener sig til den juridiske løbebane og begyndte så denne som sekretær hos den storfyrstelig holstenske [[amtmand]] i [[Trittau]]; han havde imidlertid tillige med forkærlighed dyrket de matematiske videnskaber, som han docerede for officererne ved de danske regimenter i [[Hertugdømmet Holsten|Holsten]], og han vandt herved så megen anseelse, at han [[1756]] blev ansat som lærer i disse fag ved [[Landkadetkompagniet]] i København med karakter som overkonduktør ved fortifikationsetaten. [[1766]] steg han til [[Major|ingeniørmajor]] og [[oberstløjtnant]] af [[infanteri]]et, samtidig med at han, da [[Christian 7.|Christian VII's]] søster, [[Prinsesse Louise (datter af Frederik 5.)|prinsesse Louise]], ægtede prins [[Carl af Hessen]], blev stillet i spidsen for det unge herskabs hofholdning. Fra denne stilling blev han af [[Johann Friedrich Struensee|Struensee]] [[1771]] kaldet til hofintendant ved kongens hof, hvor han fik indført en række økonomiske reformer – "avec d'autant d'intelligence que d'intégrité", siger [[Elie Salomon François Reverdil|Reverdil]]. Disse Wegeners fortjenester bevirkede, at han efter Struensees fald foreløbig beholdt sin stilling; men [[Juliane Marie af Braunschweig-Wolfenbüttel|enkedronningens]] parti havde dog mistillid til ham på grund af det nære forhold, hvori han endnu stod til prins Carl, og ønskede under en passende form at fjerne ham fra hoffet. Wegener blev derfor sendt til Holsten med karakter af [[generalmajor]], bestalling som generaldirektør for landmålingen i [[Hertugdømmerne]] og pålæg om at projektere en kanal mellem [[Østersøen]] og [[Nordsøen]] – et anlæg, der skulle knytte den nyerhvervede gottorpske del af Holsten nøjere til den kongelige. Wegeners første tanke var den samme, som senere blev bragt til udførelse: [[Ejderkanalen|En vandvej]] fra [[Kielerfjorden]] til [[Elben]]; men af tekniske, økonomiske og vistnok især af politiske grunde foretrak regeringen den gang at føre linjen til [[Ejderen]]. [[1777]] blev planen hertil approberet.
