Ved [[Lagtingsvalget 1946|lagtingsvalget i 1946]] fik partiet igen to repræsentanter, som tilfældigvis også var brødre, [[Símun Petur Zachariasen]] fra [[Norðoyar]] og [[Louis Zachariasen]] fra [[Suðurstreymoy]]. Sjálvstýrisflokkurin opstillede for første og eneste gang på en fællesliste med et andet parti, [[Javnaðarflokkurin]]. Javnaðarflokkurin var modstandere af løsrivelse, som de mente ville forringe færingernes levestandard, men fælleslisterfælleslisten var nødvendig for igen at opnå repræsentation. Dette var lige efter [[Folkeafstemningen på Færøerne 1946|folkeafstemningen om færøsk selvstændighed]], og situationen gjorde, at partiet fik større indflydelse end nogensinde. [[Færøernes Hjemmestyre|Færøernes hjemmestyrelov af 1948]] var resultatet af et tværpolitisk samarbejde i Lagtinget mellem repræsentanter for blandt andet Sjálvstýrisflokkurin, Javnaðarflokkurin og Fólkaflokkurin.
Efter at have været med til at få færøsk anerkendt som officletofficielt sprog og indføre hjemmestyre førte partiet en moderat [[national]] politik og fulgte en udpræget midterlinje i den økonomiske politik, dette gjorde det muligt at samarbejde med samtlige partier. FærøernesDa førstede hjemmestyreregeringto forenedeøvrige såledesløsrivelsespartier, SjálvstýrisflokkurinFolkeflokkurin og de[[Tjóðveldi]]sflokkurin, tovar unionsvenligeyderliggående partierbåde Sambandsflokkurini den økonomiske og Javnaðarflokkurin.nationale Denpolitik sadforenede fremSjálvstýrisflokkurin tilen 1950meget forskelligartet gruppe af folk, ogder partietanså varFólkaflokkurin dereftersom stedsefor repræsenterethøjreorienteret iog forskelligeikke koalitionsregeringerstøttede fraTjóðveldi|sflokkurins socialisme, 1954samt tilmoderate 1975selvstyretilhængere, 1981–1989der var tilfredse med udvidet selvstyre og 1993–2004ikke ønskede fuld uafhængighed. DetSocialt skyldes,set athavde partiet både opbakning fra dele af bygdebefolkningen og middelklassen i Tórshavn. Da det ofte ervar tungenrent pålokale vægtskålenforhold, når der skalafgjorde, dannesom nypartiorganisationen regering.gik med over i Fólkaflokkurin, bevarede Sjálvstýrisflokkurin en stærk position i en række bygder.
Færøernes første hjemmestyreregering forenede Sjálvstýrisflokkurin og de to unionsvenlige partier Sambandsflokkurin og Javnaðarflokkurin. Den sad frem til 1950, og partiet var derefter stedse repræsenteret i forskellige koalitionsregeringer 1954–75, 1981–89 og 1993–2004. Dette skyldes, at partiet ofte var tungen på vægtskålen, når der skulle dannes ny regering.
