Bosættelser i området går tilbage til før-romersk tid og der er spor fra [[Jernalder]]-bakkefæstninger omkring byen. Under romersk styre var byen, ''Venta Belgarum'', af stor betydning.
Byen var hovedstaden for kongedømmet [[Wessex]] siden [[519]]. Selv om den ikke var den eneste hovestadhovedstad for Wessex, blev den af [[Kong Egbert]] etableret som hovedbyen i hans kongedømme i [[827]]. Den angel-saksiske gadeplan, som blev planlagt af [[Alfred den Store|Kong Alfred]], er tydelig den dag i dag: en kors-formet gadeplan, som overholdt normerne for den tid er lagt over den eksisterende romerske gadeplan (med det kirkelige kvarter i syd-øst, det juridiske kvarter i syd-vest og handelskvarteret i nord-øst). Byen var del af en række fæstningsværker langs Englands sydkyst, grundlagt af kong Alfred for at beskytte hans kongedømme. Den gamle bys omrids er stadig synligt visse steder som en stenmur (i gammel tid var dette en træ-barrikade omkranset af en voldgrav). Der var fire hovedporte i nord, syd, øst og vest, samt to ekstra porte, Durngate og King's Gate. Winchester var kongedømmets og senere hele Englands hovedstad et stykke tid efter Normannernes invasion, hvorefter Englands hovedstad blev flyttet til [[London]]. En stor brand i [[1141]] fremrykkede byens nedtur.
[[William af Wykeham]] (1320-1404) spillede en vigtig rolle i byens historie. Som [[Winchesters Biskop]] var han ansvarlig for størstedelen af katedralens nuværende strukutur. Biskoppen grundlagde [[Winchester College]] samt [[New College]] i [[Oxford]].
