ThomasFrederik 3. forlangte hende udleveret som [[Corfitz Ulfeldt|Ulfeldts]] medskyldige i [[højforræderi]], hvorfor hun blev arresteret og sendt til [[København]], hvor hun blev holdt fængslet i [[Blåtårn (Københavns Slot)|Blåtårn]] på [[Københavns Slot]]. Hun nægtede kendskab til Corfitz Ulfeldts landsskadelige handlinger, men blev uden rettergang eller dom holdt fanget i Blåtårn i næsten 22 år ([[1663]]-[[1685]])<ref>[http://www.adl.dk/adl_pub/pg/cv/ShowPgText.xsql?nnoc=adl_pub&p_udg_id=100&p_sidenr=329 Arkiv for dansk litteratur – HC Andersens fejltagelse går ikke på tiden, men stedet]<br />Leonora Christina sad fængslet i det Blå Tårn i 21 år, 9 måneder og 11 dage.</ref>. Det var her, hun skrev sin franske selvbiografi. I [[1673]] begyndte hun sit ''[[Jammers Minde]]'', en skildring af fængselslivet stilet til hendes børn. Manuskriptet så først offentlighedens lys i [[1867]] og skabte sensation. Det er ikke alene noget for perioden så sjældent som en fremragende selvbiografi, men en skarp og velskrevet skildring af menneskelig fornedrelse og sjælelig storhed. "Jammers Minde" inspirerede maleren [[Kristian Zahrtmann]] til en serie på ca. 20 billeder fra hendes liv: fra anholdelsen, indsættelsen i Blåtårn over hendes unge dage som kongedatter, til en bizart hævngerrig skildring af Sophie Amalies død.
Da [[dronning Sophie Amalie]] døde i [[1685]], blev Leonora Christina løsladt, og efter kort tids ophold i [[Husum (København)|Husum]] ved København flyttede hun til [[Maribo kloster|Birgittinerordenens kloster]] i [[Maribo]]. Leonora Christina Ulfeldt blev begravet i klosterkirken, den nuværende [[Maribo Domkirke]], men hendes lig blev kort tid efter fjernet fra gravstedet, antagelig af nogle af hendes sønner, og formentlig gravsat i Wien, hvor sønnen Leo gjorde stor karriere og bl.a. blev feltmarskal og [[vicekonge]] i [[Catalonien]].
