I sin andene periode måtte Bush forklare og afvise påstandene om amerikansk tortur ved [[Guantanamo Bay Naval Base]]. Bush-administrationen måtte også forsvare at amerikanerne holdt[[Johnf storeBushs mængdermest fangerbetroede rådgivere, udenhans hverkensåkaldte tiltale eller retsag, ved marinebasen"arkitekt". OrganisationerRove somvar [[FN]]kampagneleder og [[Amnestyrådgiver International]]i kritiseredeforhold USAtil forPR- gentagendeog brudvalgstrategiske på [[Folkeret]]ten og [[Menneskerettighederne]]spørgsmål.
[[29. august]] [[2005]] blev New Orleans ramt af [[Orkanen Katrina]]. Diget omkring byen brast og store områder af byen blev lagt under vand, og førte til store materielle ødelæggelser og mange døde. President Bush blev udsat for massiv kritik på grund af manglende føderal redningsindsats.
=== Udnævnelser ===
Blandt hans regeringsudnævnelser kan nævnes: [[Colin Powell]] – udenrigsminister (secretary of state), afløst i [[2005]] af [[Condoleezza Rice]]; [[Donald Rumsfeld]] – forsvarsminister; [[Spencer Abraham]] – energiminister udnævnt i 2001, udskiftet med [[Samuel Bodman]] i 2005 ; [[Gale Norton]] – indenrigsminister; og [[Tommy Thompson]] – socialminister. Finansministeren [[Paul O'Neill]] sagde selv op i 2003 og afløstes af [[John W. Snow]]. Som justitsminister blev den meget udskældte [[John Ashcroft]] i 2005 udskiftet med [[Alberto Gonzales]].
Derudover er [[Karl Rove]], en af Bushs mest betroede rådgivere, hans såkaldte "arkitekt". Rove var kampagneleder og rådgiver i forhold til PR- og valgstrategiske spørgsmål.
