[[Fil:Phosphonium-3D-balls.png|thumb|En 3D-gengivelse af et molekyle, her en [[fosfonium]]ion. Samme opbygning har f.eks. [[metan]].]]
I [[kemi]] som alle andre steder er et '''molekyle''' en sammensætning af to eller flere [[atom]]er.
For eksempel er [[vand]] (H<sub>2</sub>O) et molekyle, der består af 2 [[hydrogen]]atomer og 1 [[oxygen]]atom. Og O<sub>2</sub> er et molekyle der består af to oxygenatomer.
Et molekyle er karakteriseret ved, at alle atomerne i molekylet er bundet sammen ved hjælp af [[kovalent]]e bindinger, dvs. at atomerne deler et eller flere [[elektron]]par imellem sig, i modsætning til [[Salt (kemi)|salt]]e, der kun hænger sammen ved hjælp af [[elektrostatisk kraft|elektrostatiske kræfter]] (ion-ion-tiltrækning).