I [[1999]] brød nye kampe ud, efter at islamistiske separatister, under ledelse af [[Sjamil Basajev]] og den arabiske hekt [[Ibn al-Khattab]] med bomber havde ødelagt civile bygninger med flere tusind døde til følge i [[Moskva]] og [[Volgodonsk]], samt invasionen af russisk territorium i [[Dagestan]], [[Ingusjien|Ingusjetien]] og [[Stavropol]]-regionen, med henblik på at islamisere hele Kaukasusregionen og andre dele af Rusland.<ref>The Telegraph: [http://www.telegraph.co.uk/htmlContent.jhtml?html=/archive/1999/09/06/wdag06.html ]{{dødt link}}</ref> Under den [[anden Tjetjenienkrig]] organiserede de tjetjenske separatister væbnet modstand i området, og kæmpede for selvstændighed fra Rusland. Islamisterne er siden næsten blevet tilintetgjort ved [[Putin]]s effektive, men ofte hårde krigsførelse.<ref>[http://web.archive.org/web/20080116012657/http://www.cbc.ca/news/viewpoint/vp_gillespie/2008/01/how_putin_defeated_terrorism_i.html Security Matters: How Putin defeated 'terrorism' in Chechnya<!-- Bot genereret titel -->]</ref>
