Frederik blev født som den anden (og yngste) søn af [[Christian 1.]] og [[Dorothea af Brandenburg]] og voksede op i [[hertugdømmerne]] [[Hertugdømmet Slesvig|Slesvig]] og [[Hertugdømmet Holsten|Holsten]]. Nogen udsigt til kongeværdigheden havde han ikke, da hans ældre broder Hans for længst var udset til konge.
.
I [[1481]] døde Christian 1., og dronning Dorothea ønskede, at begge hendes sønner Hans og Frederik skulle tilgodeses, og helst sådan at Frederik fik [[hertugdømmerne]] [[Hertugdømmet Slesvig|Slesvig]] og [[Hertugdømmet Holsten|Holsten]]. I hertugdømmerne Slesvig og Holsten var i det mindste en del af ridderskabet ingenlunde tilfreds med personalforbindelsen med Danmark således, som forholdene havde udviklet sig under Christian 1. Kort før faderens død havde ridderskabet derfor ansøgt om, at Frederik måtte blive opdraget i hertugdømmerne som landenes tilkommende hersker, hvilket kongen samtykkede til. Efter faderens død mente hertug Frederik, at han havde ret til hertugdømmerne og fandt heri straks en støtte i moderen, men da Hans ikke ville opgive sine rettigheder til landene og heri fandt en støtte hos det danske rigsråd, enedes man til sidst på en landdag i Kiel i november 1482 om at hylde begge brødrene som arveherrer. Hertug Frederik blev bragt til hertugdømmerne og opdroges her under sin moders formynderskab; til lærer havde han holsteneren [[Enevold Sovenbroder]], provst ved [[Slesvig Domkirke]].
Først efter, at han var blevet myndig, foretoges den [[10. august]] [[1490]] en deling af landene, i den gottorpske og segebergske del, dog således, at der tillagdes hver del spredte besiddelser i begge lande, og at højheden over ridderskab og prælater blev hos begge fyrster i forening, hvorved man mente at redde [[Ribebrevet|Ribe-Overenskomsten]] af 1460 om landenes udelelighed. Som yngre broder fik Frederik ret til at vælge først og valgte den gottorpske del med hovedsæde på [[Gottorp Slot]].
