Der vides stort set intet om Hans Tausens barndom og ungdom. Der kendes to fødeårføde år, begge usikre, 1494 efter epitafiet i [[Ribe Domkirke]], og 1498 efter en sen 1500-tals beretning. Når det fortælles, at han var søn af en bonde eller en smed, og at han stak af hjemmefra, er der tale om legender, som ikke har basis i kilderne. Slægtsnavnet samt det forhold, at Hans Tausen blev munk i et rigt kloster tyder på, at familien har hørt til lavadelen. Tausen skulle så være et slægtsnavn fra moderens side, hvilket støttes af en kilde fra samtiden, hvor Hans Tausen omtales som Hans Markvadsen, hvorfor hans far så skulle have heddet Markvad (Markus); der kan dog også være tale om en decideret fejl i denne kilde. Det menes, at han har gået på de lærde skoler i [[Odense]] og i [[Slagelse]]. På et tidspunkt blev han munk i [[Johanniterordenen|Johanniter]][[kloster]]et i [[Antvorskov Kloster|Antvorskov]] ved Slagelse, og derfra blev han i 1516 sendt til universitetet i [[Rostock]] for at studere. Her fik han 1517 baccalaureat-graden og 1519 magistergraden. I 1520 omtales han med titlen "Dominus", hvilket formentlig betyder, at han på det tidspunkt var blevet præsteviet. Samme år forelæste han i Rostock over en latinsk oversættelse af en i datiden formodet Aristoteles-tekst.
[[Fil:Tavsen-sten.jpg|thumb|Sten over Hans Tavsen i Ribe Domkirke. Stenen er opsat 1663 - »Den sammenstyrtede gravurne istandsatte Ludvig Pouch og hans hustru, mit (Tausens) tipoldebarn Dorotea Sev. Velleja (Sørensdatter Vedel)« I anledning af reformationsjubilæet 1836 blev stenen renoveret, og billedet af Tavsen hugget "i samme smag som den før har været, da der endnu kunne findes spor heraf«. Stenens indskrifter blev hugget op med nye bogstaver. (Danmarks Kirker, Viborg Domkirke p. 230)]]
