Efter den tyske [[besættelsen|besættelse]] af Danmark i [[1940]] lykkedes det i [[1941]] Fog at knytte forbindelser mellem DKP's formand [[Aksel Larsen]] og den konservative [[Christmas Møller]] for at sikre samarbejdet i [[modstandskampen]]. Fog var medstifter af modstandsorganisation [[Frit Danmark]] og medarbejder ved organisationens blad i [[1942]]. DæknavneMogens Fog med dæknavne som From, Orange , Ingeniøren, Ole og OrangeHenriksen (CIA?).{{km}}var Enen af de illegale kurerer (med bl.a. mikrofilm) for [[Ebbe Munck]] i 1942,. Kurer ruten gik til adressen Sibyllegatan 13 i Stockholm, Sverige og alt sammen under dække af at være på foredragsturne. Fog var en af de første til at [[gå under jorden]] og var i 43 med til at danne [[Frihedsrådet]]. I [[oktober]] [[1944]] arresteredes Mogens Fog af [[Gestapo]] og blev sammen med andre indsat i [[Shellhuset]] som gidsler og menneskelige skjolde. Han lykkedes imidlertid at flygte, da engelske flyvere den [[21. marts]] [[1945|45]] [[Shellhusbombardementet|bombede Gestapos hovedkvarter]]. Efter befrielsen var han ansvarlig for at hente danske [[koncentrationslejr]]fanger hjem.
