Lillebælt er et beskyttet vådområde med særlig betydning for fugle og den centrale del er underlagt [[Ramsar-konventionen]].<ref>[http://www.blstmst.dk/Natura2000plannatur-vand/Natura2000omraadernatur/Ramsarinternational-naturbeskyttelse/ramsar-konventionen/ ByRamsar-konventionen] og Landskabsstyrelsenspå hjemmesidemst.dk Hentethentet 30-11-200929. december 2017 </ref> og er udpeget som [[Natura 2000]]-[[Natura 2000-område nr. 112 Lillebælt|område nr. 112 Lillebælt]]. Udpegningen af Lillebælt til et [[Ramsarområde]] skete for at sikre bedre vilkår for ynglende og trækkende fugle, her kan kan specielt nævnes arter som; [[sangsvane]], [[havørn]], [[rørhøg]], [[plettet rørvagtel]], [[engsnarre]], [[klyde]], [[brushane]], [[mosehornugle]], [[fjordterne]], [[havterne]], [[dværgterne]], [[bjergand]], [[ederfugl]], [[hvinand]] og [[toppet skallesluger]].<ref>http://www.blst.dk/Natura2000plan/Natura2000omraader/Fuglebeskyttelse/Udpegningsgrundlag/Liste_30_59.htm#47 Miljøministeriets hjemmeside.Oversigt over beskyttede arter. Hentet 30-11-2009.</ref>
Bæltet er hjemsted for flere tusinde [[Marsvin (hval)|marsvin]]<ref>http://www.tvsyd.dk/lilleb%C3%A6lt-har-3000-hvaler TV-Syds hjemmeside. Hentet 01-12-2009.</ref>, som er den eneste fastboende [[hval]] i indre danske farvande.
