Krokodiller kan betragtes som levende fossiler, da de ikke har forandret sig synderligt inden for de sidste 80 millioner år. Krokodiller tilhører infraklassen ''Archosauria'' (med antorbitalt fenestra mellem næsebor og øjenhuler som avanceret træk) sammen med [[Dinosaurerne|dinosaurer]], [[flyveøgler]] og fugle. En af de første krokodiller var den halv meter lange ''Terrestrisuchus'' fra Sen [[Trias]] (225 [[År|Ma]]), der formentlig løb på bagbenene og levede af insekter. Den tilhørte protosuchiderne, der var overgangsformer mellem thecodontforfædrene (sokkeltænderne) og de avancerede krokodiller. Senere protosuchider som selve typeeksemplaret ''Protosuchus'', havde kropspanser, quadrupedal gang og jagede større bytte.
I løbet af [[Jura (geologi)|Jura]] blev mesosuchiderne udviklet som havlevende krokodiller. De havde padlelignende lemmer og et knæk på halen. ''Geosaurus'' og den 3 m lange ''Metriorhynchus'' er begge fra Sen Jura. Mange mesosuchider havde et degenereret hudpanser. Nogle mesosuchider som ''Sarchosuchus imperator'' på 12 m fra [[Sahara]] har levet i flodsystemer.
Mesosuchiderne var ophav til både sebesuchider og eusuchider. Sebesuchiderne var små (1,5 m) rovdyr der levede i vådområder, f.eks. ''Baurusuchus'' fra Brasilien. Eusuchiderne omfatter de nulevende krokodiller og opstod i [[Kridt (geologisk periode)|Sen Kridt]]. Den største af dem var ''Deinosuchus'' på 15 m fra Sen Kridt. Dens to meter lange kæber har sandsynligvis nedlagt mange dinosaurer, og krokodiller var de største rovdyr i begyndelsen af [[Paleocæn]] (efter at dinosaurerne uddøde).
=== Krokodiller i Danmark ===
Krokodilletænder er fundet i [[Kridt (geologisk periode)|kretassiske]] aflejringer på [[Bornholm]] (Jydegård Form. – Tidlig Kridt) og [[Stevns Klint]] (Skrivekridtet – Sen Kridt) samt i [[paleocæn]]e sedimenter i [[Fakse Kalkbrud]] ([[Danien]]kalken). [[Danmark]] lå sydligere dengang og den globale temperatur har været højere end i dag (der var ingen iskapper).
