Frederiksø er opkaldt efter kong [[Frederik 4.]], som lod havnen og [[kaserne]]rne udbygge efter at [[Christian 5.]] havde etableret en fæstning på naboøen [[Christiansø]]. Øen har et areal på cirka 4 hektar, og dens højeste punkt befinderer sig 8 m over havets overflade. Det bor ca. 30 mennesker her, blandt andet i Frederiksøgaden.<ref name="hval">[http://hval.dk/web/bruger/kate0350/bornholm/frederiksoe/ Hval.dk om Frederiksø] Hval.dk. Hentet 1/6-2015</ref>
På Frederiksø ligger Lilletårn som blev bygget i [[kampesten]] i [[1685]] under ledelse af [[Anthony Coucheron]].<ref name="hval"/> Det var oprindelig et fæstningstårn, opført for at forhindre sejlads mellem [[Græsholm (Ertholmene)|Græsholmen]] og Frederiksø,samt for atog forhindre en eventuelfjendtlig landgang på Græsholmen. Tårnet fungererer i dag som museum, hvor man kan opleve livet på Ertholmene, som det en gang var i fæstningstiden.
Øens tidligere statsfængsel, Balonen, hvor blandt andet [[J.J. Dampe]] sad fængslet i perioden 1826-32, blev bygget i [[1825]], og er i dag museum for Dampe. Balonens sidste statsfanger blev frigivet i [[1856]].<ref name="hval"/>
Frederiksø er forbundet til [[Christiansø]] med en svingbro.
Frederiksø har (sammen medog de øvrige Ertholmene) har en særskilt status i [[Danmark]], idet den ikke er en del af nogen kommune eller region. Da øen ikke er en del af nogen kommune bliver der hverken betalt [[kommuneskat]] eller [[sundhedsbidrag]], men kun statsskat af beboerne på øen.<ref name="rejser">[http://www.rejseavisen.dk/danmark-ertholmene-christiansoe-og-frederiksoe-laengst-mod-oest Ertholmene - Christiansø og Frederiksø, længst mod øst]. ''RejseAvisen''. Hentet 1/6-2015</ref>
70.000 turister besøger årligt Christiansø og Frederiksø, som ejes og administreres af [[Forsvarsministeriet]]. Der er 78(2019) fastboende på Christiansø og Frederiksø (1. januar 2017). Alle bygninger på øerne er [[Bygningsfredning|fredet]].<ref name="rejser"/>
