Rotamer
Rotamerer er konformere, der adskiller sig ved rotation om kun en enkelt σ-binding.[1] Det er kun en enkelt planer vinkel, der vil være forskellig mellem rotamerer. Konformere kan enten afvige rotationer om mange sigma-bindinger eller bare en (dvs. en rotamer er en konformer). Den roterende barriere, eller rotationsbarriere, kræver aktiveringsenergi for at konvertere fra en rotamer til en anden rotamer.
![](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/6/6d/Conformers.svg/150px-Conformers.svg.png)
Forskellige konformere kan interkonvertere ved rotation omkring enkeltbindinger, uden at bryde de kemiske bindinger. Eksistensen af mere end en konformation, som regel med forskellige energier, skyldes hindres rotation om sp3-hybridiserede σ-bindinger. Den komparative stabilitet af forskellige konformere af et molekyle kan normalt forklares gennem forskelle i en kombination af sterisk repulsion og elektroniske effekter. Et forenklet eksempel er, at af et butan-molekyle set i Newman-projektionen er vist (set ned i de centrale C2-C3-bindinger) med relative rotationer af C1 og C4, der er illustreret. Den eneste unikke gauche-konformer i tilfælde af butan har en planer vinkel på 60°, anti-rotameren har en vinkel på 180°, og den formørkede rotamer er på 0° i CH3-CH2-CH2-CH3-binding. I forbindelse med 1-fluoropropan F-CH2-CH2-CH3, er der en gauche+ og en gauche--rotamer, med planere vinkler på +60 og -60 hhv. Butan har ikke begge på grund af symmetri.
Rotamerer kan vurderes i sammenhæng med det strukturelle miljø, eller i forhold til densitet (eller andre mængdemæssige data). Kun sidechain-atomer i en rotations-isomer evalueres. For hydrogen-bindinger og sammenstøds-detektering, interaktionerer rotamerer i det samme sæt, og den nuværende rest ved denne stilling ses der bort fra, men alle andre atomer i nærheden vil blive medtaget, medmindre andre modeller anvendes.[2] Denne indstilling er nyttig for at forebygge overlejret beslægtede proteiner eller flere eksemplarer af den begyndende struktur fra at bidrage til tælleren. Hertil kommer, at atomer i samme model er uønskede for sådanne beregninger (for eksempel opløsningsmidler), bør udgå på forhånd.[2]
Referencer
redigér- ^ (engelsk) International Union of Pure and Applied Chemistry (1996). "Rotamer". Compendium of Chemical Terminology Internet-udgave.
- ^ a b Resource for Biocomputing, Visualization and Informatics om rotamerer (engelsk)