Hovedkvarteret var sidst placeret to steder i [[Århus]]. Det administrative hovedkvarter, der havde ca. 150 [[medarbejder]]e, var placeret i [[Brabrand]]. Operationscenteret var placeret i en [[bunker]] i [[Havreballe Skov]], ved [[Marselisborg slot]] og havde også ca. 150 ansatte, mange i døgnbemandede vagtfunktioner. Desuden var [[JRCC|Joint Rescue Coordination Centre]] også placeret i bunkeren i skoven. Sammen med de andre værnskommandoer, er Søværnskommandoen nu placeret i Karup.
SVKSOK harhavde en række myndighedsopgaver i og omkring de danske [[farvand]]e, bl.a. farvandsovervågning, [[Search and rescue|eftersøgnings- og redningstjeneste]], [[isbryder|isbrydning]], overvågning af havmiljø og bekæmpelse af forurening. Løsningen af opgaverne sker i samarbejde med [[politiet]], [[Danmarks kommuner|kommunerne]], [[Søfartsstyrelsen]], [[Beredskabsstyrelsen]], [[Danmarks Meteorologiske Institut]] og [[SKAT]].
SVKSOK harhavde desuden ansvaret for at løse de opgaver, som [[Folketinget]] stiller til Søværnet via [[Forsvarskommandoen]].
Disse opgaver løsesløstes operativt af Søværnets skibe, underlagt de tre [[eskadre]]r. [[Frømandskorpset|Søværnets Frømandskorps]] har nu ændret titel til Frømandskorpset, og er underlagt Specialoperationskommandoen ([[Specialoperationskommandoen|SOKOM]]). Derudover samarbejdersamarbejdede SVKSOK tæt med [[Beredskabskorpset]], [[Flyvevåbnet]] og [[Marinehjemmeværnet]]. Myndighedsopgaverne løses i samarbejde med landets to maritime overvågningscentre ([[Maritimt overvågningscenter Nord|MOCN]] og [[Maritimt overvågningscenter Syd|MOCS]]), som harhavde den [[taktisk kontrol|taktiske kontrol]] (TACON) over enhederne til søs, hvorimod SVKSOK harhavde den [[operativ kontrol|operative kontrol]] (OPCON).
Internationale opgaver løsesløstes som hovedregel ved deltagelse i [[NATO]]-, [[Forenede Nationer|FN]]- eller [[koalition]]sstyrker.
