1658 blev der på det nu forsvundne varft nordøst for det nuværende Kirkevarft oprettet et prædikested, hvor teologistuderende prædikede. 1666 blev skolehuset, som sandsynligvis lå på det nuværende Kirkeværft, omdannet til en kirke. 1725 blev der på værftet bygget en ny kirke. 1894 blev den nuværende bygning opført på fundamenterne fra den tidligere kirke. Den østlige del af kirkerummet blev indrettet til skole. 1960 blev den nye skole på den østlige del af Kirkeværftet indviet. 1975 blev den tidligere skoledel omdannet til menighedssal.
Halligens nuværende kirke er fra 1894. Den blev bygget på fundamenterne af en ældre kirkebygning.
Det malede fløjalter er fra 1670. I middelfeltet ses øverst Jesu Korsfæstelse, nederst Jesu sidste aftensmåltid med sine diciple. På fløjens inderside er de fire evangelister afbildet, på det lukkede alters yderside ses Jesus og Peter.
Menigheden på Langenæs-Nordmarsk har i dag ca. 100 medlemmer. Siden 1969 er kirkens præst ansvarlig for menighederne på Øland og [[Grøde (ø)|Grøde]] (med 22 og 17 medlemmer).
