Den øverste del af Halleby Å er en del af [[habitatområde]] ''156 Store Åmose, Skarre Sø og Bregninge Å''
<ref>[{{Cite web |url=http://www.naturstyrelsen.dk/Naturbeskyttelse/Natura2000/Natura_2000_planer/Se_Planerne/126_246/156_Storeaamose.htm |title=156 Store Åmose, Skarre Sø og Bregninge Å] |access-date= 3. august 2013 |archive-date=28. december 2013 |archive-url=https://web.archive.org/web/20131228145707/http://www.naturstyrelsen.dk/Naturbeskyttelse/Natura2000/Natura_2000_planer/Se_Planerne/126_246/156_Storeaamose.htm |url-status=yes }}</ref> og det ca. 3.300 ha store [[habitatområde]] og [[fuglebeskyttelsesområde]] ''157 Åmose, Tissø, Halleby Å og Flasken''<ref>{{Cite [web |url=http://www.naturstyrelsen.dk/Naturbeskyttelse/Natura2000/Natura_2000_planer/Se_Planerne/126_246/157_AAmose.htm |title=157 Åmose, Tissø, Halleby Å og Flasken] |access-date= 3. august 2013 |archive-date=28. december 2013 |archive-url=https://web.archive.org/web/20131228145710/http://www.naturstyrelsen.dk/Naturbeskyttelse/Natura2000/Natura_2000_planer/Se_Planerne/126_246/157_AAmose.htm |url-status=yes }}</ref>
I 2003 foreslog [[Friluftsrådet]], at der blev oprettet en naturpark, der skulle omfatte [[Åmosen]] og [[Tissø]] samt dele af Halleby Å. Samtidigt med pilotprojekterne om [[Nationalparker i Danmark|nationalparkerne]] gennemførte Friluftsrådet et undersøgelsesprojekt i 2004-2005. [[Kalundborg Kommune|Kalundborg]], [[Sorø Kommune|Sorø]] og [[Holbæk Kommune|Holbæk]] kommuner har arbejdet videre med planerne. <ref>{{Cite [web |url=http://naturparkaamosen.dk/om-naturparken/plan-for-naturpark-aamosen/ |title=Forslag til kommuneplan (2010)] |access-date= 5. januar 2013 |archive-date=13. juli 2013 |archive-url=https://web.archive.org/web/20130713135850/http://naturparkaamosen.dk/om-naturparken/plan-for-naturpark-aamosen/ |url-status=yes }}</ref>
