Hassans forhold til islam har været omdiskuteret i offentligheden. Hans første digtsamling fra 2013 indeholdt blandt andet et digt, der sluttede med ordene:"''MIG JEG PISSER PÅ ALLAH OG PÅ HANS SENDEBUD OG PÅ HANS ALLE MMULIG UDUELIG DISCIPLE''", som Hassan også reciterede nærmest råbende i programmet [[Deadline (tv-program)|Deadline]] på [[DR2]] samme år. Han blev opfattet som islamkritiker og fortalte polemisk journalister, at han ikke var muslim.<ref name=Inf>[https://www.information.dk/moti/2020/06/mangler-historie-yahya-hassan-handler-forsoning Der mangler en historie om Yahya Hassan. Den handler om forsoning. Artikel i dagbladet Information 13. juni 2020.]</ref> Hans digte og medieoptrædener gjorde, at han ragede uklar med store dele af det muslimske miljø.<ref name=WA>[https://www.weekendavisen.dk/2020-20/samfund/trillegaardens-yahya Trillegårdens Yahya. Artikel i Weekendavisen 15. maj 2020.]</ref> Ifølge [[islamolog]]en [[Saer El-Jaichi]]var han indtrykket i offentligheden dog ikke retvisende - Hassan var snarere en reflekteret muslim. I årene 2013-2015 mødtes Hassan med El-Jaichi et par gange ugentligt for at tale om islam, arabisk filosofi og litteratur. Det var nyt fra Hassan at høre, at islam ikke blot var påbud og forbud, men også oplysning og åndelighed, og at den kunne fortolkes, så man kunne være muslim på forskellige måder.<ref name=Inf/> I november 2019 optrådte han i en video på Facebook, hvor han sad i en sofa ved siden af sin mors onkel, imam Abu Khaled, og sagde: "''Jeg vil gerne sige til alle, der måske har været i tvivl, om Yahya har været fratrådt islam eller frafalden fra islam, at det har der på intet tidspunkt været tale om. Jeg er født muslim og vil dø muslim, men man er måske ikke, som folk er flest. Slut, prut, finale.''"<ref name=WA/>
Ved Hassans begravelse talte Abu Khaled, der bl.a. sagde:"''Nok var han en anderledes muslim, men han var født som muslim og døde også som en.''"<ref name=WA/>
