Siden [[1918]] har det [[estisk (sprog)|estisk]]-sprogedee navn ''Tartu'' været det eneste officielle navn i brug, men da byen har været kontrolleret af forskellige magter og kulturer gennem sin historie, har den også haft forskellige navne på andre sprog. På [[tysk (sprog)|tysk]], [[svensk (sprog)|svensk]] og [[polsk (sprog)|polsk]] har byen været kendt under navnet ''Dorpat'', en variant af ''Tarbatu''. På [[russisk (sprog)|russisk]] har byen været kendt som ''Юрьев'' ({{lit|Jur′jev}}), efter Juri, dåbsnavnet på storfyrst [[Jaroslav 1. af Kijev]] og som ''Дерпт'' ({{lit|Derpt}}, fra den [[nedertysk]]e variant af Dorpat). På samme måde har byen været kendt som ''Tērbata'' på [[lettisk (sprog)|lettisk]], og [[finsk (sprog)|finsk]]talende bruger [[toponym]]et ''Tartto''. Tartu ligger ved [[Emajõgi]]-floden, hvis navn ema jõgi oversættes til moderne estisk som 'moderflod'.
