Da botulinumtoksinets effekt forringes meget, når det kommer i forbindelse med luften, anses toksinet for et dårligt [[kemiskBiologisk våben]]. Stoffet er så ustabilt, at man transporterer det på [[tøris]] (medicinsk/kosmetisk brug). Der er ingen dokumenterede tilfælde, hvor botulinumtoksin skal have været brugt i [[krig]]. Men det er påstået, at det er blevet brugt i "[[Operation Anthropoid]]" til at dræbe den højtstående nazist [[Reinhard Heydrich]]<ref>{{cite web |url=http://www.strategypage.com/articles/biotoxin_files/BIOTOXINASSASINATION.asp |title=StrategyPage.com - Medium Brigade Flaws, and the Cure The IBCT Revisited |format= |work=}}</ref> og i "[[Operation Mongoose]]" fra 1961 hvor [[CIA]] mættede nogle cigarer af [[Fidel Castro]]s yndlingsmærke med botulinumtoksin, så man evt. kunne bruge dem til et muligt attentat mod ham. Cigarerne blev dog aldrig brugt, men da man testede dem flere år senere, var stoffet stadig aktivt i dem<ref>{{cite web |url=http://www.parascope.com/mx/articles/castroreport.htm |title=parascope.com - Castro report |format= |work=}}</ref>. Den berygtede japanske Enhed 731, som forskede i biologisk krigsførelse, fodrede nogle fanger med botulinumtoksin under den japanske besættelse af Manchuriet i 1930'erne.<ref>{{cite web |url=http://jama.ama-assn.org/cgi/content/full/285/8/1059 |title=JAMA - Botulinum Toxin as a Biological Weapon: Medical and Public Health Management, February 28, 2001, Arnon et al. 285 (8): 1059 |format= |work=}}</ref>.
Man har været lidt bekymret for, at terrorister ville bruge botulinumtoksin som et våben, men det viser sig, at stoffet ikke er ideelt til dette formål. Det er ekstremt svært for privatpersoner at fremstille botulinumtoksin, da de bakterier, der producerer det, er [[anaerob]]e; de formerer sig derfor meget dårligt, når der er [[oxygen]] tilstede. Derfor er botulinumtoksin vanskeligt at producere uden [[mikrobiologi]]sk ekspertise.
