Han var imidlertid bleven kendt ved hoffet, da han adskillige Gangegange havde prædiket for kongerne både på dansk og latin, og [[1649]] udnævntes han til slotspræst på [[Antvorskov Kloster|Antvorskov]] og hospitalspræst i [[Slagelse]]; [[1665]] blev han præst i [[Køge]] samt provst over [[Ramsø Herred]], og [[1673]] kaldedes han til biskop i [[Trondhjem]]. [[1675]] tildeltes ham den teologiske doktorgrad, men allerede 12. juni 1678 døde han, efterladende en enke, Catharine Valentinsdatter Køler, hvis fader var præst i [[Kalundborg]], og hvem han havde ægtet [[1653]]; hun blev [[1681]] gift med professor [[Jens Jensen Bircherod]]. Der var i Pontoppidans ægteskab kun ét barn, en søn Valentin, som blev dansk resident i [[Venedig]] og
adlet med Navnetnavnet Lillienkrantz, men med hvem slægten og navnet uddøde.
