Harpoon Block II giver enikke forøget rækkevidde, men forbedret ECCM,samtog forbedret målsøgning. Harpoon-missilet var oprindeligt designet til at være et missil til brug på åbent hav. Block II missilerne bygger videre på den proces der startede med Block IE. Block II giver Harpoon-missilerne evnen til at angribe kystnære mål. Nøgleelementerne i Harpoon Block II er softwaren, computeren, GPS/INS-navigationssystemet samt GPS antenne/modtageren fra AGM84-K SLAM Expanded Response (SLAM-ER). Selvom man brugte skibe fra US Navy, besluttede man ikke at indkøbe missilerne til den amerikanske marine. Boeing angiver at 29 mariner i verden har anskaffet Harpoon Block II<ref>http://www.boeing.com/defense-space/missiles/harpoon/docs/HarpoonBlockIIBackgrounder.pdf</ref>
Danmark har opgraderet alleca. 50 ud af sine ca. 100 missiler til Harpoon Block II.
