{{uddybende|Manchester United F.C.’s historie (1999-nu)}}
United vandt ligaen igen i 2000 og 2001, men presset var så stort, at disse sæsoner blev anset som fiaskoer, da klubben ikke vandt Europa Cuppen. I 2000 blev Manchester United en af de 14 opstartsmedlemmer af G-14-gruppen som en af de ledende europæiske fodboldklubber. <ref>{{en sprog}} {{cite web |url=http://www.g14.com/G14members/index.asp |title=G-14's members |publisher=G14.com |accessdate=2006-09-12 }}</ref> Klubben afviste at tage del i 1999-2000-FA Cuppen, i stedet valgte den at konkurrere i FIFA Klubmesterskaberne i Brasilien under pres fra FA, UEFA og den engelske VM 2006 i fodbold-kommite. Ferguson fandt på flere defensive taktikker for at gøre United sværere at slå i Europa, men det blev ikke en succes og United sluttede [[FA Premier League 2001–02|Premier League i 2001-02]] på en tredjeplads. Klubben genvandt ligatitlen i den efterfølgende sæson ([[FA Premier League 2002-03|2002-03]] og startede også den efterfølgende sæson meget overbevisende. Formen gik dog meget ned, da [[Rio Ferdinand]] modtog en kontroversiel otte måneders lang suspendering for ikke at tage en krævet [[doping (sport)|dopingtest]]. United vandt [[FA Cup-finalen 2004|FA Cup-finalen i 2004]] efter at have slået Arsenal (potentiel ligamester i [[FA Premier League 2003-04|den sæson]]) ud på vejen til finalen. I finalen slog klubben [[Millwall F.C.|Millwall]].
[[Manchester United F.C. sæson 2004-05|2004-05]]-sæsonen blev karakteriseret som en fiasko, når man snakkede om scorigen af mål, det var mest på grund af den skadede angriber [[Ruud van Nistelrooy]] og United sluttede trofæløse sæsonen på en tredje plads i ligaen. Denne gang kunne de ikke en gang undslippe Arsenal i FA Cuppen, da London-klubben slog United på straffesparkkonkurrence efter en målløs kamp på 120 minutter. Uden for banen var hovedhistorien at havde United muligheden for at blive overtaget og den 12. maj 2005 tilegnede [[Malcolm Glazer]] sig [[Malcolm Glazers overtag af Manchester United|kontrollerende interesse]] i klubben gennem hans investeringskøretøj Red Football Ltd. Overtaget gav en god investering til klubben, da de fik omtrent 8.570.000.000 [[Danske kroner|kr.]] <ref>{{en sprog}} {{cite web|url=http://news.bbc.co.uk/2/hi/business/4550141.stm|title=Glazer Man Utd stake exceeds 75% |publisher=BBC News|accessdate=2007-08-11}}</ref><ref name="CBS">{{cite web|url=http://www.cbc.ca/sports/columns/newsmakers/malcolm_glazer_glazer.html|title=Manchester United's new owner|publisher=CBS Sports Online|accessdate=2007-08-11}}</ref> Den 16. maj fik han forøget sin andel til 75%, det var nødvendigt, hvis klubben skulle væk fra Stock Exchange-listen og gøres privat igen, og han meddelte sin hensigt på under 20 dage. <ref name="CBS"/> Den 8. juni udnævnte han sine sønner som Manchester United-bestyrelsesledere.<ref>{{en sprog}} {{cite web|url=http://www.abc.net.au/news/stories/2005/06/08/1387352.htm|title=Glazer's sons join Man U board|publisher=ABC News|accessdate=2008-08-11}}</ref>
United fik en dårlig start på [[Manchester United F.C. 2005-06|2005–06]]-sæsonen, da midtbanespilleren Roy Keane forlod klubben for at tage til Celtic efter en masse kritik af sine holdkammerater. Klubben formåede ikke at kvalificere sig til knock-out-facen i UEFA Champions League for første gang i over et årti, efter at have tabt til det [[Portugal|portugisiske]] hold Benfica. Deres sæson fik også tildelt et grusomt stød af skader til spillere som [[Gabriel Heinze]], [[Alan Smith]], Ryan Giggs og Paul Scholes. Alligevel formåede de ikke at blive forladt tom-hændet – en skuffende udholdelse i de sidste 17 år – ved at vinde Liga Cup 2006, da de slog de nyoprykkede naboer [[Wigan Athletic F.C.|Wigan Athletic]] i [[Football League Cup.finalen 2006|finalen]] 4-0. United garanterede også en andenplads og kvalificerede sig automatisk til Champions League på den sidste dag i sæsonen ved at besejre [[Charlton Athletic F.C.|Charlton Athletic]] 4–0. I slutningen af 2005-06-sæsonen, forlod en af Uniteds nøgleangribere [[Ruud van Nistelrooy]] klubben for at slutte sig til [[Real Madrid C.F.|Real Madrid]], det var på grund af et skænderi med Alex Ferguson.<ref>{{en sprog}} {{cite news |url=http://news.bbc.co.uk/sport1/hi/football/teams/m/man_utd/5322562.stm |title=Ruud accuses Ferguson of betrayal |publisher=[[BBC Sport]] |date=2006-09-07 |accessdate=2006-12-11 }}</ref>
