''Face/Off'' er historien om [[FBI]]-agenten Sean Archer ([[John Travolta|Travolta]]) som har tilbragt de sistesidste 6 år på jagt efter terroristen og snigmorderen Castor Troy ([[Nicolas Cage|Cage]]). Troy havdehar tidligere forsøgt at myrde Archer, men endte med at myrde hans søn i stedet. Efter at have modtaget et tip, slår Archer og hans hold til mod et jetfly som Troy og hans bror Pollux ([[Alessandro Nivola]]) er om bordombord i. Flyet kører ind i en hangar og brødrene forsøger at flygte. Castor dræber en række agenter i den påfølgendefølgende skudepisode, men bliver til sidst slået bevidstløs af Archer, og Castor og Pollux bliver taget til fange. Det bliver imidlertid afsløret, at Castor og Pollux er hyret til at sprænge en del af [[Los Angeles]] ved hjælp af et biologisk våben. Efter at Archer har afhørt nogennogle af CastorsTroys medhjælpere, viser det sig, at Pollux er den eneste anden person end den bevidstløse bror som ved hvor bomben er, og han vil barekun fortælle det til CastorTroy. Et regeringsmedlem fortæller Archer om en ny kirurgisk teknik, hvor en persons ansigt kan transplanteres over til en anden person. Archer forstår, at dette er den eneste måde han kan finde ud hvor bomben er, så han går med til gennemgå operationen. På grund af, at operationen er tophemmelig kan han ikke fortælle om det til sin kone og datter. Operationen er succesfuld, og Archer (nu spillet af [[Nicolas Cage]]) bliver placeret i det samme fængsel som Pollux er indsat i.
I fængslet får Archer at vide hvor bomben er af Pollux. Den ægte Castor vågner imidlertid op fra koma, og tager doktoren som udførte ansigtsudbyttet som gisselgidsel. Han får Archers ansigt transplantert omtransplanteret til sig selv. Troy (nu spillet af [[John Travolta]]) og hans mænd brænder alle menneskene som kendte til ansigtsudbyttetansigtsbyttet, og ødelægger dermed alt bevis og alt dokumentation, der henviser til de to mænd til hinanden. Castor besøger så Archer i fængselfængselet, og praler meget af, at han har fået ansigtet på til til en politimand, og får siden sat broren Pollux fri. Han får Pollux til at "indrømme" hvor bomben er placeret, og uskadeligører den, for så at blive anset som en helt. I fængselfængselet lykkedeslykkes det i mellemtiden Archer at flygte ved hjælp af anden indsat, og kommer tilbage til [[Los Angeles]].
Filmen ender i en skudvæksling under [[FBI]]-direktøren Victor Lazarros begravelse, hvor Troy bliver dræbt og Archer får sine sin familie og ansigt tilbage.
