''Madonna med nellike'' forestiller [[Jomfru Maria]] siddende med [[Jesus|jesubarnet]] på skødet, sammesammen leger de med et bundt [[nellike]]r – som er et symbol på [[korsfæstelsen]]. Scenen er sat i et svag oplyst hjemligt rum, inspirationen til dette kommer af [[Tidlig nederlandsk maleri|nederlandsk]] stil. Kompositionen er endvidere inspireret af [[Leonardo da Vinci|da Vincis]] [[Madonna Benois]] (c.[[1478]]) – om end Raphaels farvevalg er hans eget. Bag de hvælvede vinduer skimtes et landskab med nogle forladte ruiner, et symbol på den hedenske verdens kollaps.
