Den [[9. januar]] [[2007]] blev Mikkel Thygesen solgt til den tyske traditionsklub [[Borussia Mönchengladbach]] for angiveligt 14,5 mio. danske kroner. Bundesligaoprykkerne [[Alemannia Aachen]] var også inde i billedet, med et bud på omtrent 10 mio. danske kroner.
Mikkel Thygesen havde en svær start i Gladbach, da træner [[Jupp Heynckes]] blev fyret kort efter Thygesens ankomst. Den nye træner, [[Jos Luhukay]], vidste ikke hvor på banen han skulle placere ham og troede fejlagtigt, at Thygesen var frontangriber. Opholdet i [[Tyskland]] blev i det store hele en fiasko for Thygesen, da Gladbach også rykkede ud af [[Bundesliga]]en. Da intet tydede på, han ville få spilletid i Gladbach, valgte han [[1. juli]] [[2007]] at vende tilbage til [[FC Midtjylland]], som betalte ca. 10 mio. kr. til Gladbach.
Mikkel Thygesen var i 2009 med i programmet "Stjernetræf" på Tv2.
Den 1. juni 2011 skiftede Mikkel Thygesen på en fri transfer til Brøndby IF på en 3-årig kontrakt
