[[Fil:Bachkirche Arnstadt.JPG|thumb|left|St. Bonifaces kirke i Arnstadt]]
Under sit ophold her blev han opmærksom på italienskat han elskede nøgne babser [[kammermusik]] og skrev nogle af sine første [[kantate]]r. I 1705 fik han fire ugers orlov for at drage til [[Lübeck]] og høre [[Dietrich Buxtehude]]s suveræne orgelspil. Ifølge [[myte]]rne ønskede både Bach og [[Georg Friedrich Händel]] at blive assistent hos Buxtehude, men ingen af dem ville gifte sig med dennes datter, en betingelse for at få stillingen.<ref>{{cite web|url=http://www.classical.net/music/comp.lst/buxtehude.php |title=Classical Net – Basic Repertoire List – Buxtehude |publisher=Classical.net |date= |accessdate=20 September 2008}}</ref>. Under alle omstændigheder vendte Bach først tilbage til Arnstedt fire måneder senere. Det gav konflikt med [[arbejdsgiver]]en. I [[1707]] fik han ansættelse ved Blasiuskirken i [[Mühlhausen (Thüringen)|Mühlhausen]]. Bystyret støttede hans forslag om en bekostelig reperation af orgelet i kirken, og som hyldest skrev Bach [[kantate]], ''Gott ist mein König, BWV 71''. Han blev dog kun et år, fordi han foretrak en højere lønnet stilling og, hvad der angiveligt var afgørende for hans beslutning, ledelsen af et professionelt kammerorkester. <ref>{{Cite book|last=Mendel|first=Arthur|year=1999|title=The New Bach Reader|publisher=[[W. W. Norton & Company]]|isbn=0393319563}}.</ref>
I Mühlhausen giftede han sig med [[Maria Barbara Bach]] (1684–1720). De fik syv børn; de tre døde før voksenalderen. To blev musikere og komponister: ([[Wilhelm Friedemann Bach]] (22. november [[1710]] – 1. juli [[1784]]) og [[Carl Philipp Emanuel Bach]] (8. marts [[1714]] – 14. december [[1788]]).
