Den nye kirke fik status som [[kollegiatkirke]] til [[Roskilde Domkirke]] og blev udstyret med et stort præsteskab: [[dekan]], [[Kannik|kanniker]] og vikarer. Der blev også knyttet en [[domskole]] til kirken. De såkaldte domskoler blev efter [[reformation]]en overtaget af staten og omdøbt til [[latinskole]]r.
=== Anden kirkebygning ===
[[Fil:Vor Frue Kirke 1520.jpg|thumb|Tegning efter samtidigt stik der viser hvordan Vor Frue Kirke i København så ud i [[1520]].]]
I [[131blev denne kirkebygning hærget så voldsomt af en brand, at der blev bygget en ny kirke. Denne gang blev den opført i [[teglsten]], der var et mere moderne materiale.
Da København senere fik status som [[hovedstad]] af [[Erik af Pommern]] og voksede i størrelse, blev kirken gjort til kongens hovedkirke. Den havde været brugt af kongerne tidligere. I [[1363]] fandt et kongeligt bryllup mellem [[Valdemar 4. Atterdag|Valdermar Atterdags]] datter [[Margrete 1.|Margrete]] og den norske kong [[Håkon 6.|Håkon den 6.]] sted her. Men [[Kroning|kongekroningerne]], der begyndte i [[1170]], havde der hidtil været tradition for at foretage i forskellige kirker i riget, og [[Christoffer af Bayern]]s kroning i [[1443]] fandt f.eks. sted i [[Ribe Domkirke]]. Hans dronning, [[Dorothea af Brandenburg]], blev efter vielsen i [[1445]] som den første nogensinde kronet i Vor Frue Kirke. Hun kom oven i købet til at opleve det igen fire år senere, da hun som enkedronning blev viet til kong [[Christian 1.]] i kirken i [[1449]] med efterfølgende kroning af dem begge.
Da [[Københavns Universitet]] blev oprettet i [[1479]], blev Vor Frue Kirkes dekan [[rektor]] for universitetet, kannikerne udgjorde universitetets lærerstab, og domskolen lagde som en start lokaler til til [[universitet]]et.
