Den første stavelse Vuk er afledet af elvenfloden Vuka. Den anden stavelse var (ungarsk vár eller város) er ungarsk for borg eller by. Oversat betyder navnet byen ved Vuka.
Elvens navn Vuka er afledt af det [[Sydslaviske sprog|sydslaviske]] ord vuk som betyder ulv.
== Kroatia-krigen ==
Under [[Vukovar-slaget]] i efteråret 1991, som var en del af [[Kroatien-krigen]], varblev byen belejret og beskudt i 87 døgn af [[Serbien|serbiske]] styrker. Byen var nærmest helt ødelagt da den faldt 18. november 1991.
Vukovar var en staseligstatelig by, med flotte bygninger fra den [[habsburgske]] periodenperiode. Den jugoslaviske hær (JNA) brugte "Groznyj-metoden". I en måned hamrethamrede [[artilleri]]et løs og reducerede byen til en "ruin".
Den 19. november 1991 tog enheder fra den [[Jugoslavien|jugoslaviske]] [[hær]]en JNA under ledelse af den nu [[krigsforbryder]]tiltalte [[Mile Mrkšić]] kontrollen over [[sygehus]]et i Vukovar. Sygehusets ledelse og en del ansatte blev indkaldt til et møde, mens 400 ikke-serbere – skadedesårede patienter, ansatte, familiemedlemmer, tidligere forsvarere af byen, journalister, kroatiske politiske aktivister og andre civile blev tvunget ud af sygehuset, til trods for at detder var aftalt en evakuering fra sygehuset med [[Røde Kors]]. Mindst 264 af disse bleblev derefter tortureret, mishandlet og dræbt ved Ovčara udenfor byen.
Mrkšić er, sammen med de to andre ansvarlige officerer Miroslav Radić og Veselin Šljivančanin, kedntkendt som ''Vukovar-Tre''.
[[Fil:Vukovar_Street_scene.JPG|left|thumb|Nyt torv i Vukovar opkaldt efter Kroatiens første præsident [[Franjo Tuđman]].]]
