Han stillede op til [[lagtingsvalget 20112008]] men opnåede ikke at blive valgt, han fik 238 stemmer som var en 10. plads på Javnaðarflokkurins liste.<ref>[http://kvf.fo/val/old kvf.fo (gamle resultater)]</ref> Partiet fik 6 mandater valgt. Han blev han udnævnt til [[Sundhedsministre fra Færøerne|sundhedsminister]] i 2009 og sad som sundhedsminister fra 16. juli [[2009]] til 21. februar [[2011]], da der skete en regeringsrokade i forbindelse med at Folkeflokken forlod regeringen, og i den forbindelse trådte [[Jóannes Eidesgaard]] tilbage som finansminister og overlod pladsen til Aksel V. Johannesen. Den 5. marts 2011 blev Johannesen desuden valgt til partiformand.
Fra april til maj 2012 var Johannesen midlertidigt medlem af [[Folketinget]] som stedfortræder for [[Sjúrður Skaale]].<ref>[http://www.ft.dk/folketinget/findmedlem/naakjo.aspx ft.dk - Aksel V. Johannesen (JF)]</ref>
