Den 5. maj 1920 ønskede en forældrekreds at oprette en dansk privatskole i Flensborg, efter at det igenførste gang efter 1888 blevigen var blevet lovligt at undervise på dansk (takket den nye [[Weimarforfatningen|Weimarforfatning]]). Allerede den 15. oktober 1920 startede den nye skole i Hjemmet i Mariegade, hvor nu [[Det lille Teater (Flensborg)|byens danske teater]] har hjemme. Den 16. april 1923 flyttede skolen ind i den nybyggede skolebygning på Duborg Banke og fik navnet Duborg-Skolen. Bygningens arkitekt var [[Andreas Dall]], der var også Skoleforeningens første formand.
Efter [[Anden Verdenskrig|anden verdenskrig]] ønskede forældrene at eleverne kunne få en dansk gymnasieafslutning og fra 1949 tilbød skolen også [[studentereksamen]] efter dansk mønster, som dog ikke blev anerkendt af den tyske styrestat. Først efter [[København-Bonn-erklæringerne]] i 1955 fik skolens studentereksamen tysk anerkendelse og gav dermed adgang til studier såvel i Danmark og Tyskland. I 1971 oprettedes [[Ungdomskollegiet (Flensborg)|ungdomskollegiet]] ved [[Frueskov|Frueskoven]] som bosted for udenbys elever. I 1979 blev den treetagers tilbygning tegnet af arkitekterne Friis & Moltke indviet. I en periode kom elevtallet op over 1000 elever. For at aflaste skolen blev der i 2008 opført [[A.P. Møller Skolen]] i [[Slesvig by|Slesvig]]. En grundlæggende renovering og udbygning af skolen begyndte i 2015.
På Duborg Skolen undervises elever fra 7. klasse og op til 13. klasse. Skolen havde i 2015 527 elever, der bliver undervist af 70 lærere. Eleverne undervises på dansk i næsten alle fag. I tysk undervises derimod på modersmålsniveau parallelt med dansk.
